科学家揭示海马基因组特征及其环境适应进化机制

摘要: 　　国际学术期刊自然（Nature）主刊于12月15日以封面长论文（Article）的形式在线发表了由中国科学院南海海洋学习所学习员林强课题组主导，德国、新加坡、华大基因等实验室共同完成的学习论文The seahorse genome a ...

　　国际学术期刊自然（Nature）主刊于12月15日以封面长论文（Article）的形式在线发表了由中国科学院南海海洋学习所学习员林强课题组主导，德国、新加坡、华大基因等实验室共同完成的学习论文The seahorse genome and the evolution of its specialized morphology（海马基因组及其特异体型进化机制）。该学习在首次完成海马全基因组分析的基础上，揭示了海马在海洋近岸和岛礁栖息过程中的长期适应性进化特征。据悉该学习是国内在Nature主刊上发表的第一篇关于鱼类学习的论文。
　　海马隶属于脊索动物门、海龙科、海马属，是具有特殊体型的鱼类，广泛分布于世界海洋，被视为海洋生态系统中重要的环境指示物种；因其特殊药用功效而被誉为海洋“人参”，加上海马独特的雄性育儿和特异的交配行为而一直受到科学界的高度关注。林强学习团队通过全基因组数据分析得知海马是目前已获得全基因组鱼类中进化速率最快的物种（图1），发现海马与环境适应相关的基因在长期的进化过程中发生了明显收缩，如嗅觉受体基因（ORs）的数目只有26个，而其它鱼类多达60-169个；分泌型钙结合磷蛋白（SCPP）主要参与骨骼、牙釉质和牙本质等的形成，该类基因在海马中严重缺失，只保留了2个。与此同时，该学习对海马的非编码调控原件（CNEs）进行整体分析，发现海马的CNE较其它已知鱼类出现严重的缺失现象，转基因学习进一步证实了体型相关的Hox基因CNE的缺失对海马体型确实起到了调控作用。
　　海龙科鱼类是目前已知动物中唯一拥有“雄性育儿”行为的物种。学习人员发现海马育儿袋相关的新颖基因pastn基因发生扩增，并出现特异高表达；虽然在剑尾鱼（platyfish）的c6ast基因家族中也有类似pastn基因的结构及其相同的组合方式，但海马的pastn基因拥有“独立进化”的模式；pastn基因重复的基因选配机制在育儿袋的产生及其雄性怀孕过程中展现出新的功能特征（图2），在揭开海马雄性育儿之谜中取得了重大突破。
　　海马腹鳍退化机制学习也是该论文的亮点内容之一。学习人员通过对海马和其它鱼类全基因组的比较，发现海马缺失tbx4基因，基于CRISPR/Cas9 tbx4-/-验证发现敲除后斑马鱼的腹鳍完全丢失，但并没有引起其它体型相关特征的改变，从而揭示了tbx4基因的丢失确实是海马缺失腹鳍的关键原因。该学习结果将为阐明鱼类进化过程中腹鳍丢失的分子机制提供了重要线索（图3），对于加深人类认识海马生物学特性和海洋鱼类进化地位具有重要意义。
　　综上，林强及其合作学习团队在国际上率先完成了海马的全基因组学习，揭示了海马是一种快速进化的物种，并从基因层面探讨了育儿袋形成和怀孕过程，揭开了海马雄性育儿之谜；与此同时，该团队瞄准国际上对于海洋鱼类的进化学习高地，首次阐明了海马特异体型进化机制，为人类重新认识海洋鱼类进化地位和环境适应性开拓了新视角，对推动海洋生物学科发展具有重大意义。
　　该学习工作得到了国家优秀青年基金项目（41322038）、中科院先导专项（XDA13020103）、“863”青年科学家项目（2015AA020909）等资助。
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