l 学术质量和贡献与学术影响虽有正相关，但也很不同，这或多或少像畅销书与学术专著之间的关系。学术质量和贡献与长期学术影响的正相关较大，而与短期学术影响的正相关较小。连SCI和“影响因子”的创立者尤金·加菲尔德都曾说过：论文的影响与论文的重要性及意义是两码事。何况，IF只考虑两年内的平均被引率，尽管有些根据，但它至多只能相当片面地反映期刊所刊论文“昙花一现”式的短期学术影响，而与长期经久的学术影响关系较小。这正像以下情况：一本书在出版后两年的销量与其学术影响、特别是学术质量和贡献关系不大。
l 各种“被引”测度都无视期刊对不写SCI论文的大量读者的影响，比如工程和应用研究人员，因而至多只能片面反映对SCI论文作者的一定影响，而不能反映对应用和实践的直接影响。所以，以平均被引率来度量影响，对工程和应用研究领域的期刊明显不公。
l 被引率根本不考虑期刊所载文章的原创性和原创度。非原创文章有可能不被计入分母而被计入分子，所以也刊登不少非原创文章的期刊比只发表原创论文的纯学术期刊在IF的计算上明显占优，非原创文章篇数的比例越大越占优。而且，期刊的被引率有赖于可读性、可获得性（比如开源期刊）等众多非原创性因素。
l 引源不同，所引意义可以悬殊。比如，一项成果被写进广为采用的教科书、被采纳为某项政策的基础，等等，与一般引用有天壤之别。被重要文章所引与被泛泛之作所引，不可同日而语。被一篇参考文献寥寥无几的文章所引，与被一篇参考文献众多的文章所引，也大有区别。然而，被引率对此都“等量齐观”。
l “引”的种类繁多，性质和意义各不相同，它包括正引（正面之引）、反引（批判性、反驳性之引）、他引、自引、实引（实质之引）、虚引（非实质之引）、褒引（褒扬尊敬赞同之引）、例引（举例列举比较之引）、崇引（崇拜而引）等诸多类型，以及迫引（被迫而引）、互引（友情互引、交易互引、团队成员互引等）、转引（未读而引）、漏引暗引（用而未引）、谀引（阿谀奉承之引）、再引（误归荣誉给非首创者之引）、代引（不引原文而另引他文）等不妥行为。各种被引测度对这些区别“视而不见”。
l IF的算式无视各个引用的不同作用和重要程度。在一篇论文中频频被引的主要参考文章、仅被引一次的无关之引，以及有力引用、适度引用、罗列引用、只引不用、表面引用、无关引用，等等，都被“一视同仁”。
l 被引率不等于被用率，被引的文献不等于实际参考过的文献：由于种种原因，“引而不用，用而不引”的现象并不罕见。此外，引用引证行为常常图方便省力，容易造成马太效应等“失真”现象。
l 学术影响、质量和贡献无法恰当合宜地量化，而且各学科领域千差万别，难以统一。因此，要想得到一个普适于所有学科领域，评判学术影响和质量的公平而统一的量化指标是不可能的。可能的是，遵循同类比较原则，得到这样一种各学科领域的通用评判方法，它充分考量学科领域各自的情况和特定变量。不同学科领域之间是难以做量化比较评判的。正因为如此，（非量化）同行评议才是国际学术界学术评判的长期传统；汤森路透公司不提供横跨各学科的分区或排名，而当下流行的中科院文献情报中心科学计量与评价课题组的跨学科大类分区思想值得商榷，遑论其实现基础是IF、被引率和一个所谓“普适于”各学科领域的经验公式——布拉德福集散定律。
l 对科研产出的评判更重要的是深层的质量、原创度和影响，而不是表象的被引率。何况，“影响因子”更贴切之名是期刊的“被引因子”，而平均被引率只是期刊的短期学术影响相当片面而不够恰当的测度，遑论靠它来测度其中一篇论文的质量、重要性和影响。IF旨在反映期刊的平均被引率，而不是其中一篇论文的被引率，因而很不适用于测度个人和单篇论文的影响。
l 不同学科和专业范围的期刊，“影响因子”不具有可比性。速效多产易懂领域的期刊“影响因子”较高。
l 在学术评判中滥用IF有诸多恶果。例举如下：
n 不同类型的期刊，其IF的可比性很小。热门学科领域的IF值较高，IF的滥用明显助长了东亚、尤其是国内科技界近年来日益跟风追潮的风气。
n IF太偏重于短期被引率，偏向于时滞短的研究领域和研究行为，因而片面追求高IF则鼓励急功近利，这是国内及东亚科技界近年来日益心浮气躁的原因之一。
n IF的滥用是国内学术界学术论文引用引证不良行为日渐加剧的一大原因。
作为另一个佐证，国际上有越来越多的专家学者对IF的大范围滥用表示不满，比如可参见2016年7月14日的《自然》期刊，特别是Ewen Callaway的文章“Publishing elite turns against impact factor——Senior staff at societies and leading journals want to end inappropriate use of the measure”。美国微生物学会甚至在几周前公开声明将在它的期刊、网站、市场和广告中删去IF。
l 话说回来，对于评价一个国家、一个地区、一所大学等成员众多的集合的总体情况，一个合理的客观评价指标，在没有成为被优化的指标时，相当有价值。但是，它一旦成为被优化的指标时，价值也就大打折扣。对于个人和小单位，采用这类客观指标一般都大有弊端，往往是弊大于利。把“影响因子”用于测度个人和小单位的学术影响和质量，正是如此。（李晓榕）
