《生物工程学报》（英文刊名Chinese Journal of Biotechnology）期刊是由中国科学院微生物研究所和中国微生物学会主办的, 国内外公开发行的综合性学术期刊。1985年创刊，月刊，主要报道动物、植物、微生物以及医学等生物工程相关领域的新发展、新成果和新技术。栏目包括：综述、动物及兽医生物技术、海洋生物技术、环境生物技术、工业生物技术、农业生物技术、食品生物技术、系统生物技术、医学与免疫生物技术、组织工程与细胞培养、生物技术与方法、科学进展/名家论坛等。
《生物工程学报》已被美国化学文摘CA、美国生物学文摘BA、美国医学索引IM/MEDLINE、俄罗斯文摘AJ、日本科学技术社数据库JST、英国国际农业与生物科学研究文摘CABI、美国剑桥科学文摘（自然科学卷）CSA(NS)、波兰哥白尼索引IC、荷兰Elsevier的Scopus、荷兰医学文摘EMBASE、中国科学引文数据库、万方数据库及中国电子期刊光盘版等检索系统收录，是中国自然科学核心期刊。
生物工程学报主要栏目
动物及兽医生物技术：
转基因动物；动物生物反应器；动物疾病控制、免疫生物技术
海洋生物技术：
海洋生物资源；海洋生物基因组学、蛋白质组学和代谢组学；海水养殖生物技术；藻类生物技术；海洋天然产物；海洋生物产品、生物材料和生物能源
环境生物技术：
微生物多样性；分子生物学方法及应用；环境过程的生物监测；污染控制新工艺；生物修复
工业生物技术：
工业酶和微生物；代谢工程与应用；生物催化剂与生物转化；工业生物原料、生物燃料、生物能源和生物基化学品；生物过程工程；生物工程控制及优化
农业生物技术：
农业功能基因组；植物生物反应器；转基因作物；转基因产品的生物安全及转化；农业重组微生物
食品生物技术：
食品微生物及功能性食品；转基因食品；食品安全及公众健康
系统生物技术：
系统生物学理论在工业、医药、环境、农业生物技术领域的应用
医学与免疫生物技术：
基因治疗和干细胞治疗RNAi技术及应用；生物标记与诊断；单克隆抗体；工程蛋白和疫苗
组织工程与细胞培养：
细胞发育与生物材料；干细胞工程；细胞培养工程
生物技术与方法：
生物技术各个领域中的方法学
生物工程学报主要报道动物、植物、微生物以及医学等生物工程相关领域的新发展、新成果和新技术。 生物工程学报 | 责任编辑：虫子 | 
