在进行VMD和NAMD的分子动力学模拟时，将蛋白质放入球状水体和立方水体中模拟的方法？

飞飞飞飞帅帅 · 发表于 2020-1-23 19:20

在进行VMD和NAMD的分子动力学模拟时将蛋白质放入球状水体和立方水体中，在百度上有个方法是用一个脚本文件 wat_sphere.tcl但是输入后VMD中显示的是 Unable to load file 'ubq.psf' using file type 'psf'.求各位大神告知如何能正确的模拟出蛋白质在水中的环境，并生成pdb，和psf文件
在进行VMD和NAMD的分子动力学模拟时，将蛋白质放入球状水体和立方水体中模拟的方法？

虫子 · 发表于 2020-1-23 20:43

程序有问题，重新找一个或者下载安装吧

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在进行VMD和NAMD的分子动力学模拟时，将蛋白质放入球状水体和立方水体中模拟的方法？

晓木虫

在进行VMD和NAMD的分子动力学模拟时，将蛋白质放入球状水体和立方水体中模拟的方法？