活性荧光染料通常用于标记蛋白质、核酸和其他生物分子，用于生命科学应用，包括荧光显微镜、流式细胞术、荧光原位杂交（FISH）、荧光共振能量转移（FRET）技术、受体结合分析和酶分析。
一、异硫氰酸荧光素（FITC）
羧基荧光素在使用前必须要被激活，与之相比异硫氰酸荧光素（FITC）更具活性，FITC主要是与巯基或者伯氨反应，如还原型半胱氨酸的侧链，尤其是多肽或蛋白中的氨基。 在很多应用中，荧光基团可以在化学合成的过程中引入，在选择性地去掉保护基团后，FITC可以与赖氨酸（Lysine）或鸟氨酸（Ornithine）侧链反应，或者与在合成过程中的多肽N端氨基反应。在N端标记时，在氨基和异硫氰酸盐反应形成的硫脲键之间会引入一个烷基间隔基，如氨基己酸（Ahx）。 为什么要引入一个烷基间隔基呢？多肽合成后需要在酸性条件下从树脂上切割下来，在这种条件下N端FITC标记的多肽会产生一个环化的反应形成荧光素，随后最后一个氨基被去除，而像Ahx这样的间隔基引入后就可以避免这样的反应。有时候空间位阻是使用间隔基的主要原因，这样多肽和FITC就可以没有障碍的偶联。Ahx或者b-Ala均可作为间隔基用于FITC标记的多肽上。
二、四甲基罗丹明（TAMRA）
另一种常见的荧光染料是四甲基罗丹明（TAMRA），在所有常见的FRET探针中，基于TAMRA的探针在细胞内分布最均匀，在细胞质中扩散最有效。与FITC相比，TAMRA发色团具有多种优势，例如TAMRA比FITC表现出更强的抗光漂白能力。FITC通常在494nm处激发，在520nm处发射荧光，而TAMRA的最大吸收波长和发射波长分别在546nm和580nm。更重要的是，TAMRA有一个额外的正电荷，可能会增加TAMRA与目标化合物之间的相互作用，从而促进探针与化合物的结合。与Cy3相似，TAMRA非常稳定且明亮，因此是一种优良的荧光基团。而且，FITC和TAMRA标记可以组合使用，因为它们有不同的激发波长和发射波长，并且不会相互淬灭。
三、单分子荧光染料——ATTO系列荧光染料
Atto染料可以用来取代普通的荧光染料。Atto染料具有更好的光稳定性和耐臭氧性，更长的信号寿命，更低的背景以提高灵敏度。它们是使用可见光和近红外发射波长的复合技术的理想选择。例如Atto 488就是荧光素和Alexa Fluor 488的优良替代品， Atto 550是罗丹明染料、Cy3和AlexaFluor 550的替代品，能产生具有更好的光稳定性和更亮的荧光的共轭物。
LifeTein-泽溪源生物提供的荧光标记包括: FITC, FAM, TAMRA, Cyanine Dye Cy3, Cy3.5, Cy5, Cy5.5, Cy7, Cy7.5, EDANS/Dabcyl, MCA, Alexa Fluor (Alexa Fluor 647, Alexa488, Alexa532, Alexa546, Alexa594, Alexa633, Alexa647), ATTO Dyes (Atto465, Atto488, Atto495, Atto550, Atto647), DyLight (DyLight 488, DyLight 550).
多肽标记常用荧光染料FITC/TAMRA/ATTO | 
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