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关于水样微生物DNA提取的一些问题

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[分子生物]

关于水样微生物DNA提取的一些问题

zhangwz0leslie 发表于 2017-6-9 15:09  
查看: 181127|回复: 1|
本帖最后由 zhangwz0leslie 于 2017-6-9 15:15 编辑

提取DNA及跑胶遇到了很多问题,想得到一些帮助,万分感谢!
1)提完DNA后,我用去离子水稀释DNA,分光光度计测定OD值,发现OD260/280均低于1.6,1.2-1.5,这种情况除了蛋白质或提取用的有机溶剂污染,有没有别的可能?做16sRNA扩增会不会漏掉很多信息?
2)我用的水样DNA提取试剂盒,里面有一个HTR Reagent溶液,用前是要摇匀重悬的,总感觉里面的东西再怎么摇都溶不了,也查不到这个溶液是做什么用的,不晓得是不是被污染了还是本身这个溶液就是这样的?  另外有一步是移去上清,确保不扰动DNA,其实上清我总也移不干净,容易导致后面加Buffer XP1时要加很多500-700ul,比protocol的400uL上多出很多,我是分两次才完成这一步的,这是正常情况吗?而且后一步用750uLDNA wash buffer冲洗滤膜上的DNA以去除残留盐分,会不会因为之前用了更多的Buffer XP1导致这一部也要用更多的DNA wash buffer才能洗干净?
3)甩干柱子移除酒精残留我不小心速度只用了10,000*g,但离心了4min,(protocol上是>14,000*g,离心2min),这会不会导致酒精有残留?
4)配凝胶电泳缓冲液TAE的时候,我是用的EDTA而不是EDTA2Na,通过边往里面加NaOH固体边测PH到8.0配的0.5M的EDTA(PH=8.0)缓冲液,问了很多人,他们都是用的EDTA2Na,我自己觉得理论上这两种做法是没有差别的,但还是不确定对最终缓冲液有没有影响,电泳时,电压调到150V,电流自动跳到100mA,问了别人说这是没问题的。
关于水样微生物DNA提取的一些问题
虫子晓木虫官方认证 发表于 2017-6-9 20:08  
可能会导致酒精有残留
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